Añadir la opción de pasar la ruta de citometría en texto.
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@@ -88,6 +88,7 @@ ui <- fluidPage(
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tabsetPanel(
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tabsetPanel(
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tabPanel("Entrada",
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tabPanel("Entrada",
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actionButton("goButtonDir","Selecciona directorio fenotipo"),
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actionButton("goButtonDir","Selecciona directorio fenotipo"),
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textInput("cytopath", label="Directorio fenotipo", value=""),
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textOutput("session"),
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textOutput("session"),
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hr(),
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hr(),
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actionButton("fcsconvert", "Convertir a fcs"),
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actionButton("fcsconvert", "Convertir a fcs"),
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@@ -969,7 +970,11 @@ server <- function(input, output) {
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observe({
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observe({
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if(input$goButtonDir > 0){
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if(input$goButtonDir > 0){
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cito_dir<<-choose.dir() %>% gsub("\\","/",. ,fixed=T) %>% paste0("/")
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if (input$cytopath == ""){
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cito_dir<<-choose.dir() %>% gsub("\\","/",. ,fixed=T) %>% paste0("/")
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}else{
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cito_dir<<-input$cytopath %>% gsub("\\","/",. ,fixed=T) %>% gsub("/$", "", .) %>% paste0("/")
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}
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output$session <- renderText(
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output$session <- renderText(
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cito_dir
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cito_dir
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@@ -1008,7 +1013,7 @@ server <- function(input, output) {
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}
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}
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if (input$phenotype == "IC"){
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if (input$phenotype == "IC"){
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route<-cito_dir
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route<-stringi::stri_enc_tonative(cito_dir)
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ws<-open_flowjo_xml(paste0(route,"IC.wsp"))
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ws<-open_flowjo_xml(paste0(route,"IC.wsp"))
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gs<-flowjo_to_gatingset(ws, name="All Samples")
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gs<-flowjo_to_gatingset(ws, name="All Samples")
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