Añadidos subida de datos clínicos modificados y nuevos.

RellenarOVBD.R

@@ -61,7 +61,7 @@ samples.exp[is.na(samples.exp)]<-""
 ## Importar los datos clínicos de pacientes existentes y generar nueva entrada par los nuevos
 upd.clinics<-sqlFetch(dta, "CLINICS")
 ovid.new<-sqlFetch(dta, "OVID") %>% filter(NHC %in% nhc.test)
-upd.clinics<-merge(ovid.new,upd.clinics, all.x=T)
+upd.clinics<-merge(ovid.new,upd.clinics, all.x=T, by="OVID")
 upd.clinics$NHC<-as.character(upd.clinics$NHC)
 for (i in colnames(upd.clinics)[sapply(upd.clinics, lubridate::is.POSIXct)]){upd.clinics[,i]<-as.Date(upd.clinics[,i])}
 
@@ -79,3 +79,22 @@ rownames(upd.samples)<-(nsamples+1):(nsamples+nrow(upd.samples)) %>% as.characte
 
 ### !! Atención, esto cambia la base de datos:
 sqlSave(dta, upd.samples, tablename="SAMPLES", append = T)
+
+## Añadir datos clínicos modificados a la base de datos
+upd.samples<-read.xlsx("QuerySamplesOV.xlsx", sheet = "CLINICS",detectDates = T)
+ovid.mod<-upd.clinics$OVID[upd.clinics$OVID %in% (sqlFetch(dta, "CLINICS") %>% pull(OVID))]
+rnames<-sqlFetch(dta, "CLINICS") %>% filter(OVID %in% ovid.mod) %>% rownames
+clinics.mod<-upd.clinics %>% filter(OVID %in% ovid.mod) %>% select(-NHC)
+rownames(clinics.mod)<-rnames
+
+### !! Atención, esto cambia la base de datos:
+sqlUpdate(dta, clinics.mod,"CLINICS")
+
+## Añadir datos clínicos nuevos a la base de datos
+nsamples.clin<-sqlFetch(dta, "CLINICS") %>% nrow
+ovid.new<-upd.clinics$OVID[!upd.clinics$OVID %in% (sqlFetch(dta, "CLINICS") %>% pull(OVID))]
+clinics.new<-upd.clinics %>% filter(OVID %in% ovid.new) %>% select(-NHC)
+rownames(clinics.new)<-(nsamples.clin+1):(nsamples.clin+nrow(clinics.new)) %>% as.character
+
+### !! Atención, esto cambia la base de datos:
+sqlSave(dta, clinics.new, tablename="CLINICS", append = T)