InVivo App - Documentación
+Diseño
+En esta sección se define cuantos ratones se van a usar, se genera la +plantilla para rellenar con las mediciones y también se puede asignar un +grupo homogenizando volúmenes.
+El panel de opciones es el siguiente:
+
-
+
- Hoja de tamaños: Permite elegir una plantilla con +las mediciones basales (día 0 de tratamiento) para la asignación de +grupos. +
- Sistema de medida: elegir entre “L-W-D”, “Min-Max” +o “Absorvance” en función de si se usarán tres medidas, dos medidas o +directamente la absorvancia, respectivamente. +
- Cajas: cuantas cajas (con los consiguientes +ratones) se usarán. +
- Descargar Excel: botón que sirve tanto para +descargar la plantilla vacía como para descargar la plantilla una vez +han sido asignados los grupos. +
-
+
- Lo primero que se tiene que realizar es elejir el sistema de medida
+y el número de cajas a utilizar y apretar el botón de “Descargar Excel”.
+Eso descargará una plantilla vacía como la siguiente:
+ - En caso de querer asignar los grupos homogenizando volúmenes,
+tenemos que introducir en “Hoja de tamaños” un excel con lo siguiente:
+2.1 Una pestaña con la plantilla en la que se ha rellenado la primera
+columna temporal:
+
+2.2 Una segunda pestaña en la que se indica en la primera columna los +grupos que se van a usar.
+
+2.3 Una tercera pestaña (opcional) en la que se indica +el sexo del animal. Esto permitirá distribuir homogeneamente los sexos +entre los grupos.
+
+ - El siguiente paso es cargar el excel y entonces nos aparecen nuevas
+opciones en el panel lateral y una distribución de los volúmenes a la
+derecha.
+
+ - Las barras en el panel lateral de Corte inferior y
+corte superior te permiten excluir aquellos tumores que
+sean demasiado grandes o pequeños.
+
+ - La barra Iteraciones te permite controlar cuantas
+iteraciones realizará el programa para encontrar las medias y
+desviaciones estándar de grupo más homogeneas. Por defecto es 100, que
+suele ser suficiente.
+
+ - Una vez esté todo a punto, clicar al botón
+Selecciona y el programa encontrará la distribución más
+óptima, generando resultados para que podamos verificar si nos convence:
+6.1 Unos cuantos gráficos dónde podemos ver la distribución de volúmenes
+entre los diferentes grupos y también comparar entre los diferentes
+sexos.
+
6.2 Una tabla con las medias y
+desviaciones estándar de los grupos.
+
6.3 Una tabla con la asignación
+individual de los ratones.
+ - Si la distribución nos convence, podemos seleccionar el botón +“Descargar Excel” y nos descargará el fichero que hemos subido ya con +los grupos asignados. +
+
Análisis
+Excel de entrada
+El excel que debe usarse como entrada para el análisis debe constar +de las siguientes columnas:
+
En rojo están marcadas las que definen la muestra y medida y son +obligatorias:
+-
+
- Cage: Caja +
- ID animal: Número que identifica al ratón. +
- ID tumor: L o R en función de si es el tumor en +lado derecho (R) o izquierdo (L). +
- Group: grupo de tratamiento. +
- DPV o TS: medida que luego es usada para calcular +el volumen. DPV si sólo se usan dos medidas o TS si se usan tres. +
Estas columnas se pueden generar (ya llenas, excepto el grupo si no +se usa la función de aleatorización) en la primera pestaña de +Diseño.
+Las columnas que siguen deben corresponder a los tiempos de medida +(en verde).
+Opciones de análisis
+El panel que permite interaccionar con el análisis es el +siguiente:
+
-
+
- Hoja de análisis: botón para subir el excel. +
- Experimento de Vacunación: indicar si es un +experimento de vacunación (y entonces separa por ID de tumor) o si no lo +es (todos los tumores son tratados igual). +
- Filtrar estadística: mostrar sólo la estadística +significativa. +
- Usar Incremento de Volumen: si está activo, en las +gráficas se muestra el incremento de volumen respecto a día 0 en vez del +valor absoluto. +
- Descargar Volúmenes: botón para descargar un excel +con los volúmenes calculadas en vez de las medidas individuales. +
Una vez cargado el fichero de excel, aparece la siguiente opción +dónde se puede indicar a partir de qué tamaño se considera fallecimiento +del tumor (usado en las curvas de supervivencia).
+
Resultados de análisis
+Ratones
+Tabla dónde aparece en número de ratones por grupo en cada punto +temporal.
+
Cinéticas
+Figuras en las que se muestra el crecimiento de forma agrupada y +también de forma individualizada (una línea por ratón).
+
Supervivencia
+Curva de supervivencia dónde los ratones fallecidos son los que +superan el valor especificado.
+
Estadística
+Primero hay una caja dónde se construye un modelo para ver si hay +diferencias a nivel de Timepoints y a nivel de grupos.
+
Seguida hay una tabla donde se compara en cada punto temporal los +diferentes grupos mediante un Kruskal-Wallis y el dunn-test para las +comparaciones individuales.
++
Exportar
+Esta pestaña permite modificar el estilo de las figuras para +optimizar su presentación.
+En la barra de opciones encontramos:
+-
+
- Seleccionar figura: qué figura queremos exportar. +Se puede seleccionar entre “Cinética Grupo”, “Cinética Individual” y +“Survival”. +
- Ancho: pixeles que ocupa la figura a nivel +horizontal. +
- Altura: pixeles que ocupa la figura a nivel +horizontal. +
- Colors: paleta de colores que sustituye la usada +por defecto. Hay que introducir los códigos de los colores separados por +una coma. +
- Etiqueta Eje X: etiqueta personalizada para el eje +de las X. +
- Etiqueta Eje Y: etiqueta personalizada para el eje +de las Y. +
- % Ancho errorbars: Anchura de las barras de +error. +
- Tamaño línea: Grosor de las líneas de +crecimiento. +
- Tamaño puntos: Tamaño de los puntos de +volumen. +
- Tamaño textos:Tamaño de los textos. +
- Escala logarítmica eje Y: Si está activa, la escala +se representa en escala logarítmica. +
- Mostrar llegenda: si se desactiva, no se representa +la leyenda en la figura. +
- Seleccionar Tema: por defecto “BW”, pero se puede +seleccionar “Default” y “Classic”. +
- Exportar: Botón que genera un archivo comprimido +que contiene la figura en formato png y también en formato objeto de R +por si se quiere modificar a posteriori. +
Ejemplo:
+Sin modificar:
+
Tras modificar el estilo:
+