library(shiny)
library(rhandsontable)

DF<-as.data.frame(matrix(nrow=1, ncol=5))
colnames(DF)<-c("ID","Concentració Vector (ng/ul)","Longitud Vector (bp)","Concentració Insert (ng/ul)","Longitud Insert (bp)")
DF[1,]<-rep("",5)

ui <- fluidPage(

    # Application title
    titlePanel("Lligacions"),

    # Sidebar with a slider input for number of bins 
    sidebarLayout(
        sidebarPanel(
            sliderInput("ratio",
                        "Ratio Insert:Vector :",
                        min = 1,
                        max = 20,
                        value = 10),
            sliderInput("minim",
                        "Volum mínim:",
                        min = 0.2,
                        max = 1.25,
                        value = 0.5, step = 0.1),
            sliderInput("voltotal",
                        "Volum Total (V vector+V insert):",
                        min = 1.5,
                        max = 2.5,
                        value = 2, step = 0.5),
        width = 3),

        # Show a plot of the generated distribution
        mainPanel(
            rHandsontableOutput("hot"),
            tableOutput("results")
        )
    )
)

# Define server logic required to draw a histogram
server <- function(input, output) {

    values <- reactiveValues()
    
    ## Handsontable
    observe({
        if (!is.null(input$hot)) {
            DF = hot_to_r(input$hot)
        } else {
            if (is.null(values[["DF"]])){
                DF <- DF
            }
            else{
                DF <- values[["DF"]]
            }
        }
        values[["DF"]] <- DF
    })
    
    output$hot <- renderRHandsontable({
        if (!is.null(DF)){
            rhandsontable(DF, stretchH = "all", readOnly = F, useTypes = T)   
        }
    })
    
    output$results <- renderTable({
        observe({values})
        t<-values[["DF"]]
        t<-t[apply(t,1, function(x) any(is.na(x)|x=="") == F),]
        if (nrow(t) < 1){
          t
        }else{
          if (nrow(t) > 1){
            t[2:5]<-as.data.frame(apply(t[2:5],2,as.numeric))
          }else{
            t[2:5]<-as.data.frame(t(apply(t[2:5],2,as.numeric)))
          }
          
          Vv<-( (input$voltotal*t$`Concentració Insert (ng/ul)`*t$`Longitud Vector (bp)`)/(t$`Concentració Vector (ng/ul)`*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio) ) / (1+(t$`Concentració Insert (ng/ul)`*t$`Longitud Vector (bp)`)/(t$`Concentració Vector (ng/ul)`*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio))
          Vi<-input$voltotal-Vv
          
          t[,"Volum vector (ul)"]<-Vv
          t[,"Volum insert (ul)"]<-Vi
          t[,"Dilució vector"]<-1
          t[,"Dilució insert"]<-1
          
          Vv.log<-Vv < input$minim
          if (TRUE %in% Vv.log){
            alt.conc.vect<-( (input$voltotal-input$minim)*t$`Concentració Insert (ng/ul)`*t$`Longitud Vector (bp)`)/ (input$minim*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio)
            t$`Dilució vector`[Vv.log]<-(t$`Concentració Vector (ng/ul)`/alt.conc.vect)[Vv.log]
            t$`Volum vector (ul)`[Vv.log]<-input$minim
            t$`Volum insert (ul)`[Vv.log]<-(input$voltotal-input$minim)
          }
          
          Vi.log<-Vi < input$minim
          if (TRUE %in% Vi.log){
            alt.conc.insert<-( (input$voltotal-input$minim)*t$`Concentració Vector (ng/ul)`*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio)/ (input$minim*t$`Longitud Vector (bp)`)
            t$`Dilució insert`[Vi.log]<-(t$`Concentració Insert (ng/ul)`/alt.conc.insert)[Vi.log]
            t$`Volum insert (ul)`[Vi.log]<-input$minim
            t$`Volum vector (ul)`[Vi.log]<-(input$voltotal-input$minim)
          }
          t["Molècules Vector (fmol)"]<-t$`Volum vector (ul)`*t$`Concentració Vector (ng/ul)`*1000000/(t$`Longitud Vector (bp)`*660*t$`Dilució vector`)
          t
        }
    })
    
}

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)