WEBVTT

00:00.700 --> 00:02.600
En este vídeo os voy a presentar

00:02.600 --> 00:05.500
la aplicación "shinny" scMonitor, que está

00:05.500 --> 00:08.200
orientada a explorar de forma sencilla un

00:08.200 --> 00:10.300
objeto seurat previamente procesado.

00:11.600 --> 00:13.800
Lo primero es seleccionar el fichero que

00:13.800 --> 00:16.800
contiene ese objeto seurat. Por ahora,

00:16.800 --> 00:19.000
el formato del fichero debe RDS.

00:19.700 --> 00:21.600
En función del tamaño del objeto y

00:21.600 --> 00:23.800
de la potencia del ordenador la carga

00:23.800 --> 00:25.000
tardará más o menos.

00:26.200 --> 00:28.200
La distribución UMAP que se genera

00:28.400 --> 00:30.000
es la que se muestra por defecto,

00:30.400 --> 00:33.400
normalmente los "clusters" identificados por el propio seurat.

00:33.400 --> 00:37.200
Podemos agrupar los colores por cualquier

00:37.200 --> 00:39.300
otra variable que hayamos incluido en los

00:39.300 --> 00:42.600
metadatos del objeto especificándolo en "GroupBy".

00:43.200 --> 00:45.500
Típicamente, el origen de la muestra o

00:45.500 --> 00:46.300
una anotación

00:46.300 --> 00:47.700
manual de tipo celular.

00:48.800 --> 00:51.400
También se puede dividir la distribución en

00:51.400 --> 00:54.500
función de una variable seleccionándolo en "FacetBy".

00:54.500 --> 00:57.300
En este caso estamos viendo la

00:57.300 --> 00:59.900
distribución de los tipos celulares en función

00:59.900 --> 01:01.000
del origen de la muestra.

01:02.800 --> 01:05.800
Otra visualización disponible es mostrar la expresión

01:05.800 --> 01:08.100
de conjuntos de genes separados por un

01:08.100 --> 01:10.400
espacio sobre la distribución UMAP.

01:11.300 --> 01:13.500
Con la barra de altura podemos ajustar

01:13.500 --> 01:15.500
el tamaño para que nos sea cómodo.

01:18.900 --> 01:22.700
Finalmente, podemos crear signaturas para luego visualizar

01:22.800 --> 01:25.200
el "score" de las células.

01:25.200 --> 01:27.300
Hay que indicar el nombre de la signatura y

01:27.300 --> 01:29.800
en la casilla inferior especificar los genes

01:29.800 --> 01:32.600
que incluye. Una vez añadida se puede

01:32.600 --> 01:34.700
especificar su nombre en la casilla de

01:34.700 --> 01:35.500
signaturas.
