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2023-10-05 12:22:18 +02:00
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 # scMonitor
 scMonitor is a shinny application writen in R that allows to easily explore already processed scRNAseq seurat objects.
 You can find a video explanation [here](https://ratg.cat/tutos/scMonitor.html).
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 WEBVTT
 00:00.700 --> 00:02.600
 In this video, I will present you
 00:02.600 --> 00:05.500
 the shinny application scMonitor, which is
 00:05.500 --> 00:08.200
 oriented to easily explore
 00:08.200 --> 00:10.300
 a previously processed seurat object.
 00:11.600 --> 00:13.800
 Firstly, you should select the file
 00:13.800 --> 00:16.800
 containing the seurat object.
 00:16.800 --> 00:19.000
 For now, the file format must be RDS.
 00:19.700 --> 00:21.600
 Depending on the object size and
 00:21.600 --> 00:23.800
 computer potency the loading
 00:23.800 --> 00:25.000
 will take more or less time.
 00:26.200 --> 00:28.200
 UMAP distribution that generates
 00:28.400 --> 00:30.000
 is the same that shows as default,
 00:30.400 --> 00:33.400
 usually clusters identified by seurat itself.
 00:33.400 --> 00:37.200
 We can group colors by any
 00:37.200 --> 00:39.300
 other variable that we have included in the
 00:39.300 --> 00:42.600
 metadata from the object specifying it in "GroupBy".
 00:43.200 --> 00:45.500
 Tipically, the sample origin or
 00:45.500 --> 00:46.300
 a manual annotation
 00:46.300 --> 00:47.700
 from the cell type.
 00:48.800 --> 00:51.400
 Distribution can also be divided by
 00:51.400 --> 00:54.500
 another variable selecting in "FacetBy".
 00:54.500 --> 00:57.300
 In this case, we are looking at
 00:57.300 --> 00:59.900
 the distribution of cell type
 00:59.900 --> 01:01.000
 by the sample origin.
 01:02.800 --> 01:05.800
 Another available visualization is to show expression
 01:05.800 --> 01:08.100
 for a group of genes separated by a white space
 01:08.100 --> 01:10.400
 over UMAP distribution.
 01:11.300 --> 01:13.500
 With the "Height" bar we can adjust
 01:13.500 --> 01:15.500
 the size in order to feel comfortable.
 01:18.900 --> 01:22.700
 Finally, we can create signatures in order to visualize
 01:22.800 --> 01:25.200
 their score from cells.
 01:25.200 --> 01:27.300
 One must indicate the signature name and
 01:27.300 --> 01:29.800
 on the box below specify the genes
 01:29.800 --> 01:32.600
 that are included. Once added, you can
 01:32.600 --> 01:34.700
 specify its name in the
 01:34.700 --> 01:35.500
 signatures box.
@@ -1,109 +0,0 @@
 WEBVTT
 00:00.700 --> 00:02.600
 En este vídeo os voy a presentar
 00:02.600 --> 00:05.500
 la aplicación "shinny" scMonitor, que está
 00:05.500 --> 00:08.200
 orientada a explorar de forma sencilla un
 00:08.200 --> 00:10.300
 objeto seurat previamente procesado.
 00:11.600 --> 00:13.800
 Lo primero es seleccionar el fichero que
 00:13.800 --> 00:16.800
 contiene ese objeto seurat. Por ahora,
 00:16.800 --> 00:19.000
 el formato del fichero debe RDS.
 00:19.700 --> 00:21.600
 En función del tamaño del objeto y
 00:21.600 --> 00:23.800
 de la potencia del ordenador la carga
 00:23.800 --> 00:25.000
 tardará más o menos.
 00:26.200 --> 00:28.200
 La distribución UMAP que se genera
 00:28.400 --> 00:30.000
 es la que se muestra por defecto,
 00:30.400 --> 00:33.400
 normalmente los "clusters" identificados por el propio seurat.
 00:33.400 --> 00:37.200
 Podemos agrupar los colores por cualquier
 00:37.200 --> 00:39.300
 otra variable que hayamos incluido en los
 00:39.300 --> 00:42.600
 metadatos del objeto especificándolo en "GroupBy".
 00:43.200 --> 00:45.500
 Típicamente, el origen de la muestra o
 00:45.500 --> 00:46.300
 una anotación
 00:46.300 --> 00:47.700
 manual de tipo celular.
 00:48.800 --> 00:51.400
 También se puede dividir la distribución en
 00:51.400 --> 00:54.500
 función de una variable seleccionándolo en "FacetBy".
 00:54.500 --> 00:57.300
 En este caso estamos viendo la
 00:57.300 --> 00:59.900
 distribución de los tipos celulares en función
 00:59.900 --> 01:01.000
 del origen de la muestra.
 01:02.800 --> 01:05.800
 Otra visualización disponible es mostrar la expresión
 01:05.800 --> 01:08.100
 de conjuntos de genes separados por un
 01:08.100 --> 01:10.400
 espacio sobre la distribución UMAP.
 01:11.300 --> 01:13.500
 Con la barra de altura podemos ajustar
 01:13.500 --> 01:15.500
 el tamaño para que nos sea cómodo.
 01:18.900 --> 01:22.700
 Finalmente, podemos crear signaturas para luego visualizar
 01:22.800 --> 01:25.200
 el "score" de las células.
 01:25.200 --> 01:27.300
 Hay que indicar el nombre de la signatura y
 01:27.300 --> 01:29.800
 en la casilla inferior especificar los genes
 01:29.800 --> 01:32.600
 que incluye. Una vez añadida se puede
 01:32.600 --> 01:34.700
 especificar su nombre en la casilla de
 01:34.700 --> 01:35.500
 signaturas.
@@ -4,6 +4,7 @@ library(shinyFiles)
 library(ggplot2)
 library(ggpubr)
 # Define UI for application
 ui <- fluidPage(