En este vídeo os voy a presentar
la aplicación "shinny" scMonitor, que está
orientada a explorar de forma sencilla un
objeto seurat previamente procesado.
Lo primero es seleccionar el fichero que
contiene ese objeto seurat. Por ahora,
el formato del fichero debe RDS.
En función del tamaño del objeto y
de la potencia del ordenador la carga
tardará más o menos.
La distribución UMAP que se genera
es la que se muestra por defecto,
normalmente los "clusters" identificados por el propio seurat.
Podemos agrupar los colores por cualquier
otra variable que hayamos incluido en los
metadatos del objeto especificándolo en "GroupBy".
Típicamente, el origen de la muestra o
una anotación
manual de tipo celular.
También se puede dividir la distribución en
función de una variable seleccionándolo en "FacetBy".
En este caso estamos viendo la
distribución de los tipos celulares en función
del origen de la muestra.
Otra visualización disponible es mostrar la expresión
de conjuntos de genes separados por un
espacio sobre la distribución UMAP.
Con la barra de altura podemos ajustar
el tamaño para que nos sea cómodo.
Finalmente, podemos crear signaturas para luego visualizar
el "score" de las células.
Hay que indicar el nombre de la signatura y
en la casilla inferior especificar los genes
que incluye. Una vez añadida se puede
especificar su nombre en la casilla de
signaturas.