WEBVTT

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En este vídeo os voy a presentar

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la aplicación "shinny" scMonitor, que está

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orientada a explorar de forma sencilla un

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objeto seurat previamente procesado.

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Lo primero es seleccionar el fichero que

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contiene ese objeto seurat. Por ahora,

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el formato del fichero debe RDS.

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En función del tamaño del objeto y

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de la potencia del ordenador la carga

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tardará más o menos.

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La distribución UMAP que se genera

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es la que se muestra por defecto,

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normalmente los "clusters" identificados por el propio seurat.

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Podemos agrupar los colores por cualquier

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otra variable que hayamos incluido en los

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metadatos del objeto especificándolo en "GroupBy".

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Típicamente, el origen de la muestra o

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una anotación

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manual de tipo celular.

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También se puede dividir la distribución en

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función de una variable seleccionándolo en "FacetBy".

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En este caso estamos viendo la

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distribución de los tipos celulares en función

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del origen de la muestra.

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Otra visualización disponible es mostrar la expresión

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de conjuntos de genes separados por un

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espacio sobre la distribución UMAP.

01:11.300 --> 01:13.500
Con la barra de altura podemos ajustar

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el tamaño para que nos sea cómodo.

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Finalmente, podemos crear signaturas para luego visualizar

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el "score" de las células.

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Hay que indicar el nombre de la signatura y

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en la casilla inferior especificar los genes

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que incluye. Una vez añadida se puede

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especificar su nombre en la casilla de

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signaturas.