You can not select more than 25 topics
Topics must start with a letter or number, can include dashes ('-') and can be up to 35 characters long.
109 lines
2.3 KiB
109 lines
2.3 KiB
WEBVTT
|
|
|
|
00:00.700 --> 00:02.600
|
|
En este vídeo os voy a presentar
|
|
|
|
00:02.600 --> 00:05.500
|
|
la aplicación "shinny" scMonitor, que está
|
|
|
|
00:05.500 --> 00:08.200
|
|
orientada a explorar de forma sencilla un
|
|
|
|
00:08.200 --> 00:10.300
|
|
objeto seurat previamente procesado.
|
|
|
|
00:11.600 --> 00:13.800
|
|
Lo primero es seleccionar el fichero que
|
|
|
|
00:13.800 --> 00:16.800
|
|
contiene ese objeto seurat. Por ahora,
|
|
|
|
00:16.800 --> 00:19.000
|
|
el formato del fichero debe RDS.
|
|
|
|
00:19.700 --> 00:21.600
|
|
En función del tamaño del objeto y
|
|
|
|
00:21.600 --> 00:23.800
|
|
de la potencia del ordenador la carga
|
|
|
|
00:23.800 --> 00:25.000
|
|
tardará más o menos.
|
|
|
|
00:26.200 --> 00:28.200
|
|
La distribución UMAP que se genera
|
|
|
|
00:28.400 --> 00:30.000
|
|
es la que se muestra por defecto,
|
|
|
|
00:30.400 --> 00:33.400
|
|
normalmente los "clusters" identificados por el propio seurat.
|
|
|
|
00:33.400 --> 00:37.200
|
|
Podemos agrupar los colores por cualquier
|
|
|
|
00:37.200 --> 00:39.300
|
|
otra variable que hayamos incluido en los
|
|
|
|
00:39.300 --> 00:42.600
|
|
metadatos del objeto especificándolo en "GroupBy".
|
|
|
|
00:43.200 --> 00:45.500
|
|
Típicamente, el origen de la muestra o
|
|
|
|
00:45.500 --> 00:46.300
|
|
una anotación
|
|
|
|
00:46.300 --> 00:47.700
|
|
manual de tipo celular.
|
|
|
|
00:48.800 --> 00:51.400
|
|
También se puede dividir la distribución en
|
|
|
|
00:51.400 --> 00:54.500
|
|
función de una variable seleccionándolo en "FacetBy".
|
|
|
|
00:54.500 --> 00:57.300
|
|
En este caso estamos viendo la
|
|
|
|
00:57.300 --> 00:59.900
|
|
distribución de los tipos celulares en función
|
|
|
|
00:59.900 --> 01:01.000
|
|
del origen de la muestra.
|
|
|
|
01:02.800 --> 01:05.800
|
|
Otra visualización disponible es mostrar la expresión
|
|
|
|
01:05.800 --> 01:08.100
|
|
de conjuntos de genes separados por un
|
|
|
|
01:08.100 --> 01:10.400
|
|
espacio sobre la distribución UMAP.
|
|
|
|
01:11.300 --> 01:13.500
|
|
Con la barra de altura podemos ajustar
|
|
|
|
01:13.500 --> 01:15.500
|
|
el tamaño para que nos sea cómodo.
|
|
|
|
01:18.900 --> 01:22.700
|
|
Finalmente, podemos crear signaturas para luego visualizar
|
|
|
|
01:22.800 --> 01:25.200
|
|
el "score" de las células.
|
|
|
|
01:25.200 --> 01:27.300
|
|
Hay que indicar el nombre de la signatura y
|
|
|
|
01:27.300 --> 01:29.800
|
|
en la casilla inferior especificar los genes
|
|
|
|
01:29.800 --> 01:32.600
|
|
que incluye. Una vez añadida se puede
|
|
|
|
01:32.600 --> 01:34.700
|
|
especificar su nombre en la casilla de
|
|
|
|
01:34.700 --> 01:35.500
|
|
signaturas.
|