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Author SHA1 Message Date
marcelcosta d3dcbc3d51 Limpieza de código. 2023-11-22 15:56:39 +01:00
marcelcosta faffd13524 Corrección bug al incorporar nuevo PATID en CC. 2023-11-22 15:50:29 +01:00
Costa 9f7430a4ae Merge branch 'dev' 2023-10-10 12:59:41 +02:00
marcelcosta 4c27e84cbd NHC as a character. 2023-10-10 12:51:15 +02:00
marcelcosta 560540cf1a Commit in cytometry. 2023-10-10 12:35:43 +02:00
marcelcosta bd52e8c452 Corrección nombre de fecha de extracción. Solución de bug. 2023-02-02 16:54:09 +01:00
marcelcosta 43b807cc63 Corrección de la función de backup. 2022-07-04 11:09:20 +02:00
marcelcosta cb38ea347d Añadir notificación de sincronización y backup de nitrógeno. 2022-07-04 11:08:45 +02:00
marcelcosta 6671939939 Cambiar sistema de pedir contraseña. 2022-07-04 10:58:27 +02:00
marcelcosta a6f0c97d47 Añadir la opción de pasar la ruta de citometría en texto. 2022-04-20 15:34:54 +02:00
marcelcosta 56484a5903 Volver a meter unas línias borradas por error. 2022-04-20 12:13:27 +02:00
marcelcosta b5323436ec Boleanas en la app. 2022-04-20 09:49:37 +02:00
marcelcosta a57fb3aac8 Gates booleanas se hacen en R y no en Flowjo (que enlentece mucho el análisis). 2022-04-06 16:54:51 +02:00
marcelcosta dbb8e1ed0d Merge branch 'dev' 2022-04-06 12:42:53 +02:00
marcelcosta e6c2a32ddb Corregir exportar png IC 2022-04-06 12:42:31 +02:00
marcelcosta 51acdd0ece Merge branch 'dev' 2022-04-06 12:35:16 +02:00
marcelcosta dcbf4f8b9d Canvi en l'ordre de les dependències. 2022-04-06 12:32:41 +02:00
marcelcosta 001f64cc76 Merge branch 'dev' 2022-04-06 11:18:24 +02:00
marcelcosta e95caafe28 Cambio a pie chart para Visor IC. 2022-04-05 16:57:26 +02:00
marcelcosta f45ebfd106 Merge branch 'dev' 2022-04-05 10:09:30 +02:00
marcelcosta cb6c739d14 Para actualizar la tabla Poblaciones de citometría, permitir que falten poblaciones (de cara a agrupar diferentes paneles). 2022-04-05 10:08:26 +02:00
marcelcosta 20bf1d2c20 He añadido al visor de muestras el plot de IC. 2022-04-04 17:30:55 +02:00
marcelcosta a5581182c2 Añadir al visor de muestras el plot de poblaciones. 2022-04-04 17:15:12 +02:00
marcelcosta ab1684651e Completado procesado de datos de Checkpoint Inhibitors. 2022-04-04 17:14:42 +02:00
marcelcosta 67ba4921ca Añadir sección de citometría para tinciones de Poblaciones. 2022-04-04 15:40:54 +02:00
marcelcosta db6c07595c Cambiar etiquetas. 2022-04-04 11:37:56 +02:00
marcelcosta 35e4d31495 Iniciar sección citometría. Botón para el directorio. 2022-04-04 11:35:23 +02:00
marcelcosta 38aa06c4ee Añadir etiquetas para el código. 2022-04-04 11:34:43 +02:00
marcelcosta 38e902cef0 Merge branch 'dev' 2022-04-04 10:53:51 +02:00
marcelcosta 3492b7f7ef Corregir año en la fecha de tabla clinics 2022-04-01 12:26:42 +02:00
marcelcosta 44901be490 Corregir año en la fecha de tabla clinics 2022-04-01 12:26:04 +02:00
marcelcosta 3c8a69b21c Merge branch 'main' into dev 2022-04-01 12:21:02 +02:00
Costa 9b8f24ddd8 Corregir formato en las fechas de la plantilla CLINICS. 2022-03-31 14:18:46 +02:00
Costa ea45d8c845 merge with nitro 2022-03-31 13:40:47 +02:00
Costa 134133498b Corregir carga librerías para merge 2022-03-29 12:24:11 +02:00
Costa c9d09c44a2 Cambio de "Sincronizar" a "Actualizar" nitrógeno. 2022-03-28 14:52:42 +02:00
Costa b12ae3fd5f Introducción de un botón para actualizar nitrógeno. 2022-03-28 14:52:04 +02:00
2 changed files with 712 additions and 82 deletions
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View File
File diff suppressed because it is too large Load Diff
+7 -5
View File
@@ -15,7 +15,7 @@ sqlLastDrop<-function(conn, tablename, droplast=1,dbtype=NULL){
sqlInitialize<-function(ruta="ruta_database.R"){ sqlInitialize<-function(ruta="ruta_database.R"){
library(tidyverse) # library(tidyverse)
library(RODBC) library(RODBC)
library(openxlsx) library(openxlsx)
@@ -24,10 +24,12 @@ sqlInitialize<-function(ruta="ruta_database.R"){
} }
sqlBackUp<-function(dbfile=file,conn=dta,bu.dir=NULL){ sqlBackUp<-function(dbfile=file,conn=dta,bu.dir=NULL){
print(dbfile)
if(sqlTables(conn) %>% filter(TABLE_NAME == "UMID") %>% nrow > 0){bu.dir<-"BU_UM"} if(sqlTables(conn) %>% filter(TABLE_NAME == "UMID") %>% nrow > 0){bu.dir<-"BU_UM"}
if(sqlTables(conn) %>% filter(TABLE_NAME == "OVID") %>% nrow > 0){bu.dir<-"BU_OVARIO"} if(sqlTables(conn) %>% filter(TABLE_NAME == "OVID") %>% nrow > 0){bu.dir<-"BU_OVARIO"}
db=strsplit(dbfile, "/")[[1]]%>% tail(n=1) db=tail(strsplit(dbfile, "/")[[1]], n=1)
print(db)
bu_path<-gsub(db,bu.dir,dbfile) bu_path<-gsub(db,bu.dir,dbfile)
if (!dir.exists(bu_path)){ if (!dir.exists(bu_path)){
dir.create(bu_path) dir.create(bu_path)
@@ -75,12 +77,12 @@ sqlGenOVID<-function(conn=dta, nhcs=nhc.test, verb=T, sinc=F, dbtype=NULL){
db<-c("dbcode"="PATID", "dbpref"="CCID") db<-c("dbcode"="PATID", "dbpref"="CCID")
} }
dbid<-sqlFetch(conn,db["dbcode"]) dbid<-sqlFetch(conn,db["dbcode"], as.is=T)
new.nhc<-nhcs[!nhcs %in% dbid$NHC] %>% unique() new.nhc<-nhcs[!nhcs %in% dbid$NHC] %>% unique()
if(length(new.nhc) > 0){ if(length(new.nhc) > 0){
if (nrow(dbid) == 0){next.num<-1}else{ if (nrow(dbid) == 0){next.num<-1}else{
next.num<-gsub(db["dbcode"],"",dbid[,db["dbcode"]]) %>% as.numeric %>% max(na.rm=T)+1 next.num<-gsub(db["dbpref"],"",dbid[,db["dbcode"]]) %>% as.numeric %>% max(na.rm=T)+1
} }
print(next.num) print(next.num)
last.num<-next.num+(length(new.nhc)-1) last.num<-next.num+(length(new.nhc)-1)
@@ -91,7 +93,7 @@ sqlGenOVID<-function(conn=dta, nhcs=nhc.test, verb=T, sinc=F, dbtype=NULL){
if(dbtype=="UM"){ if(dbtype=="UM"){
dbid<-merge(dbid, newtab, all=T) %>% select(NHC,UMID) %>% arrange(UMID) dbid<-merge(dbid, newtab, all=T) %>% select(NHC,UMID) %>% arrange(UMID)
# dbid$Id<-as.numeric(rownames(dbid)) # dbid$Id<-as.numeric(rownames(dbid))
dbid$NHC<-as.numeric(dbid$NHC) # dbid$NHC<-dbid$NHC
} }
if (dbtype=="CC"){ if (dbtype=="CC"){
dbid<-merge(dbid, newtab, all=T) %>% select(NHC,PATID) %>% arrange(PATID) dbid<-merge(dbid, newtab, all=T) %>% select(NHC,PATID) %>% arrange(PATID)