Añadiendo la opción (por defecto) de mostrar pvalue como estrellas.
This commit is contained in:
+5
-1
@@ -1,4 +1,4 @@
|
||||
ggcorrplot<-function(df, var, color="#FFFFFF00"){
|
||||
ggcorrplot<-function(df, var, color="#FFFFFF00", stat="signif"){
|
||||
m.df<-df %>% spread(Cyt, Value) %>% select(-pats)
|
||||
mcor<-cor(m.df, m.df, use="pairwise.complete.obs") # Por defecto usa el método de Pearson.
|
||||
mpval<-Hmisc::rcorr(as.matrix(m.df))$P
|
||||
@@ -8,6 +8,10 @@ ggcorrplot<-function(df, var, color="#FFFFFF00"){
|
||||
df.pval<-mpval %>% as.data.frame() %>% add_column(Var1=rownames(mpval),.before=1) %>%
|
||||
gather(Var2, Value, -Var1)
|
||||
|
||||
if (stat=="signif"){
|
||||
df.pval$Value<-gtools::stars.pval(df.pval$Value)
|
||||
}
|
||||
|
||||
order<- mcor %>% as.data.frame() %>% add_column(Var1=rownames(mcor),.before=1) %>% clustsort
|
||||
|
||||
ggplot(df, aes(Var1, Var2, fill=Value))+
|
||||
|
||||
Reference in New Issue
Block a user