marcelcosta/ligation
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Projects Releases Wiki Activity

Corretgir concentració.

Browse Source 
Afegir càlcul fmol.
This commit is contained in:
Costa
2021-06-03 15:17:14 +02:00
parent 031177217a
commit 082a9bae3d
1 changed files with 7 additions and 6 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files
app.R
+7 -6
View File
@@ -2,7 +2,7 @@ library(shiny)
library(rhandsontable) library(rhandsontable)
DF<-as.data.frame(matrix(nrow=1, ncol=5)) DF<-as.data.frame(matrix(nrow=1, ncol=5))
colnames(DF)<-c("ID","Concentració Vector (ng)","Longitud Vector (bp)","Concentració Insert (ng)","Longitud Insert (bp)") colnames(DF)<-c("ID","Concentració Vector (ng/ul)","Longitud Vector (bp)","Concentració Insert (ng/ul)","Longitud Insert (bp)")
DF[1,]<-rep("",5) DF[1,]<-rep("",5)
ui <- fluidPage( ui <- fluidPage(
@@ -77,7 +77,7 @@ server <- function(input, output) {
t[2:5]<-as.data.frame(t(apply(t[2:5],2,as.numeric))) t[2:5]<-as.data.frame(t(apply(t[2:5],2,as.numeric)))
} }
Vv<-( (input$voltotal*t$`Concentració Insert (ng)`*t$`Longitud Vector (bp)`)/(t$`Concentració Vector (ng)`*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio) ) / (1+(t$`Concentració Insert (ng)`*t$`Longitud Vector (bp)`)/(t$`Concentració Vector (ng)`*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio)) Vv<-( (input$voltotal*t$`Concentració Insert (ng/ul)`*t$`Longitud Vector (bp)`)/(t$`Concentració Vector (ng/ul)`*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio) ) / (1+(t$`Concentració Insert (ng/ul)`*t$`Longitud Vector (bp)`)/(t$`Concentració Vector (ng/ul)`*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio))
Vi<-input$voltotal-Vv Vi<-input$voltotal-Vv
t[,"Volum vector (ul)"]<-Vv t[,"Volum vector (ul)"]<-Vv
@@ -87,19 +87,20 @@ server <- function(input, output) {
Vv.log<-Vv < input$minim Vv.log<-Vv < input$minim
if (TRUE %in% Vv.log){ if (TRUE %in% Vv.log){
alt.conc.vect<-( (input$voltotal-input$minim)*t$`Concentració Insert (ng)`*t$`Longitud Vector (bp)`)/ (input$minim*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio) alt.conc.vect<-( (input$voltotal-input$minim)*t$`Concentració Insert (ng/ul)`*t$`Longitud Vector (bp)`)/ (input$minim*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio)
t$`Dilució vector`[Vv.log]<-(t$`Concentració Vector (ng)`/alt.conc.vect)[Vv.log] t$`Dilució vector`[Vv.log]<-(t$`Concentració Vector (ng/ul)`/alt.conc.vect)[Vv.log]
t$`Volum vector (ul)`[Vv.log]<-input$minim t$`Volum vector (ul)`[Vv.log]<-input$minim
t$`Volum insert (ul)`[Vv.log]<-(input$voltotal-input$minim) t$`Volum insert (ul)`[Vv.log]<-(input$voltotal-input$minim)
} }
Vi.log<-Vi < input$minim Vi.log<-Vi < input$minim
if (TRUE %in% Vi.log){ if (TRUE %in% Vi.log){
alt.conc.insert<-( (input$voltotal-input$minim)*t$`Concentració Vector (ng)`*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio)/ (input$minim*t$`Longitud Vector (bp)`) alt.conc.insert<-( (input$voltotal-input$minim)*t$`Concentració Vector (ng/ul)`*t$`Longitud Insert (bp)`*input$ratio)/ (input$minim*t$`Longitud Vector (bp)`)
t$`Dilució insert`[Vi.log]<-(t$`Concentració Insert (ng)`/alt.conc.insert)[Vi.log] t$`Dilució insert`[Vi.log]<-(t$`Concentració Insert (ng/ul)`/alt.conc.insert)[Vi.log]
t$`Volum insert (ul)`[Vi.log]<-input$minim t$`Volum insert (ul)`[Vi.log]<-input$minim
t$`Volum vector (ul)`[Vi.log]<-(input$voltotal-input$minim) t$`Volum vector (ul)`[Vi.log]<-(input$voltotal-input$minim)
} }
t["Molècules Vector (fmol)"]<-t$`Volum vector (ul)`*t$`Concentració Vector (ng/ul)`*1000000/(t$`Longitud Vector (bp)`*660*t$`Dilució vector`)
t t
} }
}) })