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- WEBVTT
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- 00:00.700 --> 00:02.600
- En este vídeo os voy a presentar
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- 00:02.600 --> 00:05.500
- la aplicación "shinny" scMonitor, que está
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- 00:05.500 --> 00:08.200
- orientada a explorar de forma sencilla un
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- 00:08.200 --> 00:10.300
- objeto seurat previamente procesado.
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- 00:11.600 --> 00:13.800
- Lo primero es seleccionar el fichero que
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- 00:13.800 --> 00:16.800
- contiene ese objeto seurat. Por ahora,
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- 00:16.800 --> 00:19.000
- el formato del fichero debe RDS.
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- 00:19.700 --> 00:21.600
- En función del tamaño del objeto y
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- 00:21.600 --> 00:23.800
- de la potencia del ordenador la carga
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- 00:23.800 --> 00:25.000
- tardará más o menos.
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- 00:26.200 --> 00:28.200
- La distribución UMAP que se genera
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- 00:28.400 --> 00:30.000
- es la que se muestra por defecto,
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- 00:30.400 --> 00:33.400
- normalmente los "clusters" identificados por el propio seurat.
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- 00:33.400 --> 00:37.200
- Podemos agrupar los colores por cualquier
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- 00:37.200 --> 00:39.300
- otra variable que hayamos incluido en los
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- 00:39.300 --> 00:42.600
- metadatos del objeto especificándolo en "GroupBy".
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- 00:43.200 --> 00:45.500
- Típicamente, el origen de la muestra o
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- 00:45.500 --> 00:46.300
- una anotación
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- 00:46.300 --> 00:47.700
- manual de tipo celular.
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- 00:48.800 --> 00:51.400
- También se puede dividir la distribución en
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- 00:51.400 --> 00:54.500
- función de una variable seleccionándolo en "FacetBy".
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- 00:54.500 --> 00:57.300
- En este caso estamos viendo la
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- 00:57.300 --> 00:59.900
- distribución de los tipos celulares en función
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- 00:59.900 --> 01:01.000
- del origen de la muestra.
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- 01:02.800 --> 01:05.800
- Otra visualización disponible es mostrar la expresión
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- 01:05.800 --> 01:08.100
- de conjuntos de genes separados por un
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- 01:08.100 --> 01:10.400
- espacio sobre la distribución UMAP.
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- 01:11.300 --> 01:13.500
- Con la barra de altura podemos ajustar
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- 01:13.500 --> 01:15.500
- el tamaño para que nos sea cómodo.
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- 01:18.900 --> 01:22.700
- Finalmente, podemos crear signaturas para luego visualizar
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- 01:22.800 --> 01:25.200
- el "score" de las células.
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- 01:25.200 --> 01:27.300
- Hay que indicar el nombre de la signatura y
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- 01:27.300 --> 01:29.800
- en la casilla inferior especificar los genes
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- 01:29.800 --> 01:32.600
- que incluye. Una vez añadida se puede
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- 01:32.600 --> 01:34.700
- especificar su nombre en la casilla de
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- 01:34.700 --> 01:35.500
- signaturas.
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