Add information to README and feature video.

README.md

@@ -1,2 +1,10 @@
 # scMonitor
 
+scMonitor is a shinny application writen in R that allows to easily explore already processed scRNAseq seurat objects.
+
+Here, there is a video showing its features:
+<video width="720" height="420" controls>
+  <source src="scMonitor.webm" type="video/webm">
+  <track src="scMonitor.eng.vtt" kind="subtitles" srclang="en" label="English" default>
+  <track src="scMonitor.es.vtt" kind="subtitles" srclang="es" label="Spanish">
+</video>

scMonitor.eng.vtt

@@ -0,0 +1,109 @@
+WEBVTT
+
+00:00.700 --> 00:02.600
+In this video, I will present you
+
+00:02.600 --> 00:05.500
+the shinny application scMonitor, which is
+
+00:05.500 --> 00:08.200
+oriented to easily explore
+
+00:08.200 --> 00:10.300
+a previously processed seurat object.
+
+00:11.600 --> 00:13.800
+Firstly, you should select the file
+
+00:13.800 --> 00:16.800
+containing the seurat object.
+
+00:16.800 --> 00:19.000
+For now, the file format must be RDS.
+
+00:19.700 --> 00:21.600
+Depending on the object size and
+
+00:21.600 --> 00:23.800
+computer potency the loading
+
+00:23.800 --> 00:25.000
+will take more or less time.
+
+00:26.200 --> 00:28.200
+UMAP distribution that generates
+
+00:28.400 --> 00:30.000
+is the same that shows as default,
+
+00:30.400 --> 00:33.400
+usually clusters identified by seurat itself.
+
+00:33.400 --> 00:37.200
+We can group colors by any
+
+00:37.200 --> 00:39.300
+other variable that we have included in the
+
+00:39.300 --> 00:42.600
+metadata from the object specifying it in "GroupBy".
+
+00:43.200 --> 00:45.500
+Tipically, the sample origin or
+
+00:45.500 --> 00:46.300
+a manual annotation
+
+00:46.300 --> 00:47.700
+from the cell type.
+
+00:48.800 --> 00:51.400
+Distribution can also be divided by
+
+00:51.400 --> 00:54.500
+another variable selecting in "FacetBy".
+
+00:54.500 --> 00:57.300
+In this case, we are looking at
+
+00:57.300 --> 00:59.900
+the distribution of cell type
+
+00:59.900 --> 01:01.000
+by the sample origin.
+
+01:02.800 --> 01:05.800
+Another available visualization is to show expression
+
+01:05.800 --> 01:08.100
+for a group of genes separated by a white space
+
+01:08.100 --> 01:10.400
+over UMAP distribution.
+
+01:11.300 --> 01:13.500
+With the "Height" bar we can adjust
+
+01:13.500 --> 01:15.500
+the size in order to feel comfortable.
+
+01:18.900 --> 01:22.700
+Finally, we can create signatures in order to visualize
+
+01:22.800 --> 01:25.200
+their score from cells.
+
+01:25.200 --> 01:27.300
+One must indicate the signature name and
+
+01:27.300 --> 01:29.800
+on the box below specify the genes
+
+01:29.800 --> 01:32.600
+that are included. Once added, you can
+
+01:32.600 --> 01:34.700
+specify its name in the
+
+01:34.700 --> 01:35.500
+signatures box.

scMonitor.es.vtt

@@ -0,0 +1,109 @@
+WEBVTT
+
+00:00.700 --> 00:02.600
+En este vídeo os voy a presentar
+
+00:02.600 --> 00:05.500
+la aplicación "shinny" scMonitor, que está
+
+00:05.500 --> 00:08.200
+orientada a explorar de forma sencilla un
+
+00:08.200 --> 00:10.300
+objeto seurat previamente procesado.
+
+00:11.600 --> 00:13.800
+Lo primero es seleccionar el fichero que
+
+00:13.800 --> 00:16.800
+contiene ese objeto seurat. Por ahora,
+
+00:16.800 --> 00:19.000
+el formato del fichero debe RDS.
+
+00:19.700 --> 00:21.600
+En función del tamaño del objeto y
+
+00:21.600 --> 00:23.800
+de la potencia del ordenador la carga
+
+00:23.800 --> 00:25.000
+tardará más o menos.
+
+00:26.200 --> 00:28.200
+La distribución UMAP que se genera
+
+00:28.400 --> 00:30.000
+es la que se muestra por defecto,
+
+00:30.400 --> 00:33.400
+normalmente los "clusters" identificados por el propio seurat.
+
+00:33.400 --> 00:37.200
+Podemos agrupar los colores por cualquier
+
+00:37.200 --> 00:39.300
+otra variable que hayamos incluido en los
+
+00:39.300 --> 00:42.600
+metadatos del objeto especificándolo en "GroupBy".
+
+00:43.200 --> 00:45.500
+Típicamente, el origen de la muestra o
+
+00:45.500 --> 00:46.300
+una anotación
+
+00:46.300 --> 00:47.700
+manual de tipo celular.
+
+00:48.800 --> 00:51.400
+También se puede dividir la distribución en
+
+00:51.400 --> 00:54.500
+función de una variable seleccionándolo en "FacetBy".
+
+00:54.500 --> 00:57.300
+En este caso estamos viendo la
+
+00:57.300 --> 00:59.900
+distribución de los tipos celulares en función
+
+00:59.900 --> 01:01.000
+del origen de la muestra.
+
+01:02.800 --> 01:05.800
+Otra visualización disponible es mostrar la expresión
+
+01:05.800 --> 01:08.100
+de conjuntos de genes separados por un
+
+01:08.100 --> 01:10.400
+espacio sobre la distribución UMAP.
+
+01:11.300 --> 01:13.500
+Con la barra de altura podemos ajustar
+
+01:13.500 --> 01:15.500
+el tamaño para que nos sea cómodo.
+
+01:18.900 --> 01:22.700
+Finalmente, podemos crear signaturas para luego visualizar
+
+01:22.800 --> 01:25.200
+el "score" de las células.
+
+01:25.200 --> 01:27.300
+Hay que indicar el nombre de la signatura y
+
+01:27.300 --> 01:29.800
+en la casilla inferior especificar los genes
+
+01:29.800 --> 01:32.600
+que incluye. Una vez añadida se puede
+
+01:32.600 --> 01:34.700
+especificar su nombre en la casilla de
+
+01:34.700 --> 01:35.500
+signaturas.